Selasa (5/5/2020), Program Studi Magister Informatika Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga telah resmi memperoleh Akreditasi dengan predikat BAIK dari BANPT. Melalu Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor:2555/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/IV/2020 tentang Pemenuhan Syarat Peringkat Akreditasi Program Studi Informatika pada Program Magister Informatika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta menyatakan bahwa peringkat akreditasi BAIK yang diterima oleh Program Studi berlaku mulai tanggal 21 April 2020 hingga 21 April 2025.